Nell'anno 2003 la Dott.ssa Serena Kogan della Cyberdyne Systems Corporation, convince un uomo condannato a morte (e pentitosi di aver ucciso suo fratello e due poliziotti) di nome Marcus Wright a firmare un contratto con questa società e donare il suo corpo alla scienza, prima della sua esecuzione. Un anno più tardi, Skynet viene attivato e, riconoscendo gli umani come minaccia, provoca una guerra nucleare che ha inizio nel "Giorno del Giudizio". Nel 2018 John Connor, insieme alla Resistenza, attacca una base di Skynet. Qui John scopre enormi celle in cui vi sono dei prigionieri e alcuni progetti per un nuovo modello di Terminator che implementa l'uso di tessuti umani; tuttavia l'area viene fatta saltare e John è l'unico a sopravvivere. Nel frattempo Marcus, rinchiuso anch'egli e riuscito a scappare dalla base, procede a piedi verso Los Angeles.
