La guerra si fa sempre più pressante e gli abitanti di Zion vengono chiamati a nascondersi o difendere in tutti i modi la citt. Alla stupefacente conclusione di "Matrix Reloaded", Neo compie un altro passo in avanti nella ricerca della verità, iniziata con il suo viaggio nel mondo reale in "Matrix", ma questa trasformazione lo ha lasciato privo di poteri, alla deriva in quella terra di nessuno tra Matrix e il Mondo delle Macchine. I militari organizzano sotto gli ordini di Lock le trappole per contrastare l'arrivo delle sentinelle che con le loro trivelle ormai sono vicine a sfondare la cupola che protegge la citt. Nel frattempo Neo all'esterno ancora privo di sensi, ma in Matrix l'uomo si risveglia in uno strano limbo gestito da colui che viene chiamato "l'uomo del treno", fedele solo al Merovingio...
